茶色のうっすらと生えるコケなら問題ありませんが、黒ひげゴケなどが生えてくるとなると問題です。水流が減ってしまってろ過装置本来の力が発揮できない可能性があります。
やはり半年に一度程度は取り外して、ハイターなどの漂白剤で汚れを落とすのをお勧めします。(少しでもハイターが残っていると魚やエビには猛毒なので、十分水で洗い流して下さい)
ガラスや透明アクリル製の配管がありますが、中まで光が届くため黒ひげゴケにやられやすく、見た目も悪くなりやすいので、気になるようならステンレス製の配管にすることをお勧めします。
何より掃除で乱暴に扱っても壊れることがないのが助かりますw