エーハイムのサブフィルターなど、外部フィルターに連結する追加濾過槽が製品化されていますし大丈夫ではないでしょうか。
ただ水の汚れ具合、通水量、バクテリアの量や種類など条件次第では問題になるかもしれない部分を考えてみました。
連結の場合後半の濾過槽内が無酸素になる可能性があります。
無酸素状態で発生する嫌気性細菌による生物濾過には
通常の好気性細菌では分解できない硝酸塩なども分解してくれる利点がありますが、
安定して無酸素状態を保つのはなかなか困難です。
そのため好気性細菌も嫌気性細菌もなかなか定着しない不安定な濾過槽になる可能性もあるかと。
また濾過槽通過後の水は無酸素状態かつ炭酸ガス、嫌気性細菌が生成するガスが溶け込むため飼育水槽に戻す前に1クッション置いて強めのエアーで曝気するなどの対策が必要になるかもしれません。