パイロットフィッシュの役割は、生体の排泄物からアンモニアを発生させ、亜硝酸、硝酸塩と、それぞれ分解してくれるバクテリアを定着させるために行います。
そのため、魚であってもエビであっても生体であれば排泄物を出すため、パイロットフィッシュとしての役割は果たせます。
しかしエビは水質の変化に敏感なところがあります。それぞれのバクテリアが定着するまでの間、一時的にアンモニアなり、亜硝酸なりの危険な物質濃度が高い状態を乗り切るだけの順応性が必要になります。
そのため比較的環境の急変に強いフナ系の魚がパイロットフィッシュとしては優秀で、エビはあまり向いていないと考えられます。
しかし適切な時期に水換えを行い、危険物質の濃度を下げさえすれば、問題はないでしょう。
