まず、黒ひげコケは光が強い環境だと生えやすくなります。また、水流が強い場所で発生しやすくなります。しかし状態良く水草を育てるためには強いライトと、外部ろ過等で水を回すことが必要なので、水草を状態良く育てていると、黒ひげゴケも生えてしまいます。
そのため、黒ひげゴケの生えた部分を除去するというのが現実的な対応です。ストレーナーや出水口などは取り外して塩素で漂白する。水草についた場合は生えた部分を除去してください。状態が良い水草なら多少刈り込んでも枯れません。
これらをコマ目に行えば、見た目を損なうほど黒ひげゴケが繁殖することは稀です。
また、ヤマトヌマエビやミナミヌマエビは初期のコケを食べてくれるので対処療法としておすすめします。他にもブラックモーリーやサイアミーズフライングフォックスなども黒ひげを食べてくれることで有名ですが、こちらはそれほど効果は高くありません。