好気性バクテリアは、その名のごとく溶存酸素の高い場所で活性化し、魚のうんこや尿、死骸などから発生するアンモニアを亜硝酸、硝酸塩へと分解する働きを持つ。これにより水槽の環境をより安全なものに保つことができる。
しかし、硝酸塩から窒素への分解は嫌気性バクテリアが行い、脱窒反応はまず通常の水槽では起こりにくい（もし起こったとしても微々たるもの）。そのため、どんなに整った環境であっても水槽の換水は絶対に必要となる。